- División de Educación Superior (DIVESUP) : Encargada de velar por el cumplimiento de las normas legales y reglamentarias que regulan la educación superior en el ámbito de competencia del Ministerio; de asesorar en la proposición de la política de este nivel de enseñanza y de establecer las relaciones institucionales con las entidades de educación superior reconocidas oficialmente. En especial deberá proponer la asignación presupuestaria estatal a las instituciones de educación superior, de acuerdo a la normativa vigente. Estará a cargo del Jefe de la División, a quien le corresponderá dirigir, coordinar y hacer cumplir las funciones de esta unidad”.
- Consejo Nacional de Educación (CNED) : Es un organismo autónomo, con personalidad jurídica y patrimonio propio que se relaciona con el presidente de la República a través del Ministerio de Educación.En la educación superior, el Consejo desarrolla las funciones de licenciamiento de nuevas instituciones; es la instancia de apelación de decisiones de acreditación adoptadas por la Comisión Nacional de Acreditación (CNA) y apoya al Ministerio de Educación en las decisiones de cierre de instituciones de educación superior, tanto en licenciamiento como autónomas.
Además, el CNED entrega información a los usuarios sobre el funcionamiento del sistema de educación terciaria y promueve la reflexión y la investigación en el ámbito educacional.
- La Comisión Nacional de Acreditación (CNA-Chile) : Creada en el marco de la ley 20.129, le corresponde verificar y promover la calidad de la Educación Superior mediante:La acreditación institucional de las universidades, institutos profesionales y centros de formación técnica autónomos.
El pronunciamiento sobre la acreditación de los programas de postgrado de las universidades autónomas, en el caso previsto en el artículo 46 de la Ley 20.129.
El pronunciamiento sobre la acreditación de los programas de pregrado de las instituciones autónomas, en el caso previsto en el artículo 31 de la Ley 20.129.
- Consejo de Rectores (CRUCH): coordina las actividades que desarrollan las 25 universidades que lo conforman, generando políticas que tiendan a fortalecer el quehacer de ellas en el ámbito nacional.
- Comisión Nacional de Investigación Científica y Tecnológica (CONICYT) : Dependiente del Ministerio de Educación, creada en 1967 como organismo asesor de la Presidencia en materias de desarrollo científico, la Comisión Nacional de Investigación Científica y Tecnológica -CONICYT- se orienta hoy por dos grandes objetivos o pilares estratégicos: el fomento de la formación de capital humano y el fortalecimiento de la base científica y tecnológica del país. A su vez, ambos pilares son potenciados de manera transversal por una área de información científica y una de vinculación internacional
- Comisión ingresa, es la Comisión Administradora del Sistema de Créditos para Estudios Superiores, es un organismo autónomo del Estado, creado en 2005 por la misma Ley 20.027 que impulsó esta alternativa de financiamiento estudiantil.Es un cuerpo colegiado que integran representantes tanto del Estado como de las instituciones de educación superior
- DEMRE : Es el organismo técnico de la Universidad de Chile responsable del desarrollo y construcción de instrumentos de evaluación y medición de las capacidades y habilidades de los egresados de la enseñanza media; la aplicación de dichos instrumentos y la realización de una selección inter universitaria a nivel nacional en forma objetiva, mecanizada, pública e informada. A su vez, es el organismo encargado de la administración del sistema de selección a la educación superior.